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조세특례제한법 일부개정법률
[법률 제8827호, 2007.12.31]

1. 개정이유
취약계층에게 사회서비스와 일자리를 제공하기 위한 사회적기업에 대한 세제지원, 미래 에너지 확보를 위한 해외자원개발투자에 대한 세액공제, 인적회사에 대한 이중과세를 해소하기 위한 동업기업과세특례 등의 제도를 신설하고, 환경보전을 위하여 환경보전시설 투자세액공제율을 상향 조정하며, 벤처ㆍ중소기업을 지원하기 위하여 감면요건을 완화하고, 실질과세원칙에 따라 향교 및 종교단체의 재산에 대한 종합부동산세 과세특례를 도입하는 한편,
2007년 말에 일몰기한이 도래하는 비과세ㆍ감면 제도 중 실효성이 적은 것은 그 감면폭을 조정하거나 폐지하여 조세의 중립성을 높이고, 그 밖에 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

2. 주요내용
가. 기업구조조정조합 출자에 대한 소득공제 폐지(안 제16조제1항)
(1) 기업구조조정조합 출자에 대한 소득공제제도는 기업구조조정 제도의 조기정착을 위하여 도입된 제도로서 기간이 충분히 경과한 점을 고려하여 폐지할 필요가 있음.
(2) 기업구조조정조합 출자에 대한 소득공제제도의 일몰기한(2007년 12월 31일)이 도래함에 따라 폐지함.
(3) 기업구조조정조합 출자에 대한 소득공제제도를 폐지함으로써 세입기반확대에 기여할 것으로 기대됨.

나. 중소기업 주식의 사전상속에 대한 증여세 과세특례(안 제30조의6 신설)
(1) 중소기업의 영속성 유지를 위하여는 창업자가 생전에 자녀에게 사전상속할 수 있도록 세제지원이 필요함.
(2) 60세 이상인 부모가 10년 이상 영위한 중소기업을 자녀에게 승계할 목적으로 18세 이상인 자녀에게 주식을 증여하는 경우에는 증여세과세가액 30억원을 한도로 5억원 공제 후 100분의 10의 특례세율로 증여세를 과세한 후 상속시점에서 정산하도록 함.
(3) 중소기업의 사전상속이 활성화되어 우리 경제의 활력회복에 기여할 것으로 기대됨.

다. 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례(안 제77조의2 신설)
(1) 보상자금의 부동산시장 유입으로 인한 부동산시장에 대한 영향을 최소화하기 위하여 「공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 개정에 따라 도입되는 대토보상제도를 활성화하기 위하여 세제지원할 필요가 있음.
(2) 공익사업에 필요한 토지등을 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득으로서 토지등의 양도대금을 해당 사업시행으로 조성되는 토지등으로 지급받는 분에 대하여는 양도소득세를 과세이연받을 수 있도록 함.
(3) 공익사업의 시행에 따른 현금보상의 규모를 축소함으로써 부동산 시장에 미치는 영향을 최소화할 수 있을 것으로 기대됨.

라. 사회적기업에 대한 세액감면(안 제85조의6 신설)
(1) 취약계층에게 사회서비스 또는 일자리를 제공하여 지역주민의 삶의 질을 높이기 위하여 사회적기업에 대한 지원이 필요함.
(2) 사회적기업에 대하여 최초 소득발생 후 4년간 법인세ㆍ소득세의 100분의 50을 감면함.
(3) 사회적기업을 지원함으로써 취약계층 지원을 위한 인프라 확충에 기여할 것으로 기대됨.

마. 공익사업을 위한 공장이전에 대한 과세특례(안 제85조의7 신설)
(1) 공익사업의 시행에 따라 불가피하게 공장을 이전하는 경우 사업상 애로가 없도록 세제지원할 필요가 있음.
(2) 공익사업 시행을 위한 수용으로 2년 이상 가동한 공장을 이전함에 따라 발생하는 양도차익에 대하여는 법인의 경우 3년이 지난 뒤 3년간 분할하여 익금에 산입하도록 하고 개인의 경우 양도소득세를 3년이 지난 뒤 3년간 분할납부할 수 있도록 함.
(3) 공익사업이 원활히 추진되고 공장을 영위하는 사업자의 부담이 경감될 것으로 기대됨.

바. 공익기부투자신탁등에서 발생하는 소득 비과세(안 제91조의8 신설)
(1) 공익사업 기부 목적의 금융상품에 대한 지원이 필요함.
(2) 수익의 전부 또는 일부를 공익사업에 기부하는 목적의 투자신탁 또는 투자회사로부터 받는 배당소득 중 기부하는 부분만큼 비과세함.
(3) 간접투자상품을 통한 공익사업 기부가 활성화될 것으로 기대됨.

사. 동업기업과세특례 제도 신설(안 제100조의14부터 제100조의26까지 신설)
(1) 개인이나 법인이 보유하는 전문지식ㆍ기술ㆍ자본을 결합하여 공동사업을 하는 경우 자유로운 설립ㆍ운영과 소득배분이 가능한 인적회사 형태의 기업설립이 촉진될 수 있도록 지원을 하기 위하여 동업기업과세특례를 도입할 필요가 있음.
(2) 동업기업과세특례제도는 2명 이상의 동업자가 재산ㆍ노무 등을 출자하여 영리를 목적으로 하는 사업을 영위하기 위하여 설립한 「민법」에 따른 조합, 「상법」에 따른 합명회사 및 합자회사 등 인적회사의 성격을 가진 단체가 관할 세무서장에게 동업기업과세특례의 적용을 신청하는 경우 적용하고, 동업기업의 소득에 대하여는 법인세나 소득세를 과세하지 아니하고, 이를 손익배분비율에 따라 각 동업자에게 배분하여 소득세 또는 법인세를 과세하며, 동업기업의 결손금에 대하여도 이를 손익배분비율에 따라 각 동업자에게 배분하여 각 동업자의 다른 소득에서 공제할 수 있도록 함.
(3) 인적회사 성격의 사업자에 대하여 법인세와 소득세의 이중과세 문제를 해소함으로써 기업과세제도를 선진화하는 한편, 지식기반서비스업 등을 영위하는 인적회사의 발전토대를 마련할 수 있을 것으로 기대됨.

아. 향교재단과 종교단체에 대한 종합부동산세 과세 특례(안 제104조의13 신설)
향교재단의 재산과 종교단체 명의의 부동산을 그 향교재단 또는 종교단체에 소속되어 있는 개별 향교 또는 개별 종교단체가 실질적으로 소유하고 있는 경우에는 그 부동산에 대한 종합부동산세를 실질소유자인 개별 향교와 개별 종교단체에게 부과할 수 있도록 함.

자. 제3자물류비용에 대한 세액공제(안 제104조의14 신설)
(1) 글로벌 전문물류기업 육성을 위하여 화주기업에 대한 세제지원을 신설할 필요가 있음.
(2) 제3자물류비용이 100분의 50 이상인 제조업자가 지출한 제3자물류비용이 직전 연도 지출비용을 초과하는 경우 그 초과금액의 100분의 3을 세액공제하도록 함.
(3) 제3자물류시장의 확대로 글로벌 전문물류기업 육성을 위한 토대가 마련될 것으로 기대됨.

차. 해외자원개발투자 등에 대한 세액감면(안 제104조의15 신설)
(1) 에너지자원의 안정적 확보에 대한 불확실성이 커지고 있어 해외자원개발투자를 지원할 필요가 있음.
(2) 해외자원개발사업자가 광업권이나 조광권에 투자하거나 광물자원을 개발하는 해외자회사에 대하여 투자하는 경우에는 투자금액의 100분의 3을 법인세ㆍ소득세에서 공제함.
(3) 해외자원개발투자 활성화에 기여할 것으로 기대됨.

카. 농ㆍ임ㆍ어업용 면세유 부정유통 방지방안 마련(안 제106조의2)
(1) 면세유 부정유통 방지조치에도 불구하고 농ㆍ어민등의 면세유 부정유통은 해소되지 아니하고 있어 종합적인 면세유 부정유통 방지대책을 마련할 필요가 있음.
(2) 농ㆍ어업기계의 보유현황 등을 거짓으로 신고한 농ㆍ어민등은 2년간 면세유를 사용하지 못하도록 하고, 농ㆍ수협 면세유 담당 임직원이 부정유통에 개입하는 경우 해당 조합에 부과하는 가산세율을 인상하며, 석유판매업자가 면세유를 부정유통하는 경우 면세유 판매업무를 중지하고 부정유통에 대한 가산세율을 인상함.
(3) 농ㆍ임ㆍ어업용 면세유 부정유통 현상이 줄어들 것으로 기대됨.

타. 귀금속산업의 세원투명성 제고방안 마련(안 제106조의3 및 안 제106조의4부터 제106조의6까지 신설)
(1) 밀수 등 무자료 유통이 심한 귀금속산업의 탈세방지 방안을 마련할 필요가 있음.
(2) 금융기관이 금세공업자에게 판매하는 금지금을 면세 금지금 대상에 포함하고, 면세 금지금 제도를 2010년 12월 31일까지 3년 연장하며, 매입자납부제도를 도입하여 매출자가 거래징수한 후 부가가치세를 납부하지 아니하고 탈세하는 것을 방지하고, 고금에 대한 의제매입세액 공제를 허용하여 고금거래의 양성화를 유도하며, 금지금 제련 및 금지금 수입시에는 그 제조반출 및 수입신고 내역을 과세관청에 제출하도록 함.
(3) 귀금속산업의 무자료 거래가 양성화ㆍ정상화되어 탈세 등이 방지되고 귀금속산업의 발전에도 기여할 것으로 기대됨.

파. 철도용 수입물품에 대한 관세경감제도 정비(안 제118조제1항제1호)
(1) 도시철도ㆍ일반철도 또는 고속철도 건설용 수입물품에 대한 관세경감제도의 적용시한이 도래함.
(2) 대규모 시설투자가 필요하나 국산화율이 낮은 고속철도 건설용 물품에 대한 관세경감제도의 일몰기한을 2009년 12월 31일까지 연장함.

하. 사업자에 대한 의료비등 공제 허용(안 제122조의3 신설)
(1) 근로자와 자영사업자 간 소득공제의 형평을 도모하고 자영업자 과표양성화를 유도할 필요가 있음.
(2) 일정한 요건을 갖춘 성실사업자에 대하여 사업소득금액 한도 내에서 2009년 12월 31일까지 지급한 교육비와 의료비에 대한 소득공제를 허용함.
(3) 근로자와 자영사업자간 소득공제의 형평을 도모하고 자영업자 과표양성화를 유도할 것으로 기대됨.

거. 신용카드등사용금액에 대한 소득공제방식 개선 등(안 제126조의2제1항)
(1) 신용카드 및 현금영수증의 사용 활성화를 통하여 세원투명성 제고노력이 지속되도록 지원할 필요가 있음.
(2) 신용카드등사용금액에 대한 소득공제 제도의 일몰기한을 2009년 12월 31일까지 2년 연장하고, 공제금액의 산정을 총급여액의 100분의 20을 초과하는 경우 초과금액의 100분의 20으로 함.
(3) 신용카드 및 현금영수증의 사용이 활성화되어 세원투명성이 제고될 것으로 기대됨.

3. 시행일
이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제106조의4부터 제106조의6까지 및 제126조의3의 개정규정은 2008년 7월 1일부터 시행하고, 제100조의14부터 제100조의26까지 및 제122조제5항의 개정규정은 2009년 1월 1일부터 시행한다.