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부가가치세법 시행령 일부개정령
[대통령령 제20626호, 2008.2.22]

1. 개정이유
「노인장기요양보험법」의 제정에 따라 새로 도입될 노인장기요양제도의 원활한 시행 및 조기 정착을 위하여 장기요양기관이 제공하는 요양서비스에 대한 부가가치세를 면제하고, 소매업 및 음식점업ㆍ숙박업을 영위하는 영세 자영업자의 부가가치세 부담을 경감하기 위하여 부가가치율 인하 특례의 적용 기간을 2009년 말까지로 2년간 연장하는 한편, 부가가치세 영세율(零稅率)이 적용되는 용역 사업에 해운중개업을 추가하고, 부가가치세가 면제되는 미가공식료품인 소금의 범위를 명확히 하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

2. 주요내용
가. 재화의 자가공급(自家供給) 범위 조정(안 제15조제1항제1호)
(1) 과세사업에 사용할 목적으로 매입세액을 공제받고 취득한 재화를 매입세액이 공제되지 아니하는 면세사업에 전용(轉用)하여 사용ㆍ소비하는 경우 매입세액은 공제받고 부가가치세는 부담하지 아니하는 결과를 초래하기 때문에 자가공급으로 보아 과세하고 있으나, 매입세액 미신고 등의 사유로 매입세액을 공제받지 못한 경우까지 과세대상에 포함되어 이중과세의 문제가 발생함.
(2) 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 부가가치세가 면제되는 재화를 공급하는 사업을 위하여 사용 또는 소비하는 자가공급의 경우에도 매입세액이 공제되지 아니하는 것은 과세되는 재화의 공급으로 보지 아니하도록 함.

나. 한국국제보건의료재단의 보건의료 지원사업에 공급하는 재화에 대한 영세율 적용(안 제24조제1항제2호의2 신설)
(1) 사업자가 외국 또는 북한에 대한 인도적 보건의료 지원 목적으로 한국국제보건의료재단에 공급하는 재화에 대하여도 부가가치세가 과세되고 있어 보건의료 지원사업의 취지를 반감시키는 문제가 있음.
(2) 부가가치세 영세율이 적용되는 수출 재화의 범위에 한국국제보건의료재단의 보건의료 지원사업을 위하여 외국에 무상 반출할 목적으로 사업자가 공급하는 재화가 포함되도록 함.

다. 해운중개업자가 공급하는 용역에 대한 영세율 적용(안 제26조제1항제1호마목)
(1) 해운중개업자가 공급하는 용역에 대하여 부가가치세를 과세함에 따라 중개수수료가 높아져 외국의 해운업자가 국내 해운중개업자의 서비스 이용을 기피하게 될 뿐만 아니라, 해운중개업자가 부가가치세를 중개수수료에 적절히 반영하지 못하고 직접 부담하게 되면 해운물류산업의 경쟁력이 떨어질 우려가 있음.
(2) 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에게 공급되는 해운중개업자의 용역에 대하여 부가가치세 영세율을 적용하도록 함.

라. 미가공식료품으로서 면세대상인 소금의 범위 명확화(안 제28조제1항제13호)
(1) 면세대상 재화인 미가공식료품으로서 소금에 대한 구분이 불명확하여 과세관청과 납세자간의 불필요한 마찰을 일으키고, 공업용 소금을 식용으로 불법 유통시키는 문제가 발생함.
(2) 부가가치세가 면제되는 미가공식료품인 소금의 범위를 「식품위생법」에 따라 식품으로 정하여진 천일염(天日鹽) 및 재제조된 염으로 명확히 규정함.

마. 노인장기요양기관이 제공하는 요양서비스에 대한 부가가치세 면제(안 제29조제13호 신설)
(1) 「노인장기요양보험법」에 따른 노인장기요양제도의 시행(2008. 7. 1.)에 대비하여 요양서비스에 대한 부가가치세 감면으로 이용부담을 경감해 줌으로써 노인장기요양보험제도의 원활한 시행 및 조기 정착을 유도하고 노인 복지를 증진할 필요가 있음.
(2) 「노인장기요양보험법」에 따른 장기요양기관이 장기요양인정을 받은 자에게 제공하는 신체활동ㆍ가사활동 지원 또는 간병 등의 용역에 대한 부가가치세를 면제함.

바. 소매업 및 음식점업ㆍ숙박업에 대한 부가가치율 인하 특례 적용기간 연장(안 제74의3조제4항제1호 단서 및 제3호 단서)
(1) 구조조정 등으로 소매업 및 음식점업ㆍ숙박업을 영위하는 자영업자가 증가함에 따라 2007년 말까지 한시적으로 적용하던 부가가치율 인하의 특례를 일정기간 연장하여 경영여건을 개선해 줄 필요가 있음.
(2) 소매업 및 음식점업ㆍ숙박업을 영위하는 간이과세자의 부가가치율 인하 특례(소매업: 100분의 15, 음식점업ㆍ숙박업: 100분의 30) 적용기간을 각각 2009년 12월 31일까지로 2년간 연장함.

3. 시행일
이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제7조제3항 및 제10항의 개정규정은 2008년 4월 1일부터 시행하고, 제4조제1항제15호, 제7조제2항제5호, 제28조제1항제13호 및 제29조제13호의 개정규정은 2008년 7월 1일부터 시행한다.