적부심사 제2013-63호

결  정  서

관 세 청 장

관   세   청

결   정

결정번호 : 적부심사 제2013-63호

청구법인 : ○○○○○○○○ (대표 ○○○)

통지세관장 : △△△△세관장

청 구 일 : 2013. 9. 12.

결 정 일 : 2014. 1. 15.

주   문

과세전적부심사청구를 채택하지 아니한다. 단, 과세전적부심사청구에 대한 법정처리기한을 초과한 2013.10.12.부터 2013.12.27.까지의 결정지연기간에 대하여는「관세법」제42조제1항제2호의 가산세 계산의 기간에서 제외한다.

이   유

1. 청구경과

가. 청구법인은 수입신고번호 *****-13-******U호외 10건으로 의료‧연구 장비(이하 “쟁점물품”이라 함)를 수입하면서 관세법 제90조제1항제2호 학술연구용품 관세 감면율 80%를 적용하여 수입통관하였다.

나. 통지세관장은 감면율 적용에 잘못이 있는 것으로 판단하여, 2013.7.15. 관세청장에게 감면율 적용 적정 여부 등에 대하여 질의하였다.

다. 관세청장은 2013.7.23. “청구법인은 관세법 제90조제1항제2호의 “공공의료기관”에 해당되므로 쟁점물품에 대해서는 관세법 시행규칙 제37조제5항 단서규정에 따라 감면율 50%를 적용해야 한다.“라고 회신하였다.

라. 통지세관장은 2013.8.13. 관세청 회신에 따라 감면율 적용착오로 과다하게 감면 받은 관세 ×××,×××,×××원, 부가가치세 ×××,×××,×××원 및 가산세 ××,×××,×××원, 합계 ×××,×××,×××원을 과세전 통지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2013.9.12. 과세전적부심사를 청구하였다.

2. 청구법인 주장

관세법 제90조 학술연구용품에 대한 감면세 규정은 교육, 학술 및 문화, 과학기술의 진흥을 촉진하기 위하여 학교, 공공직업 훈련원 기타 기재부령으로 정하는 과학기술연구단체 등에서 수입하는 과학연구용품, 교육용품, 실험실습용품 등에 대하여 관세를 감면하여 주는 것이다.

청구법인은 방사선의 의학적 이용으로 최신 암치료법 개발은 물론 암 치료효율 향상을 위하여 1963년 방사선의학연구소로 출발하여, 1973년 원자력병원, 2002년 원자력의학원으로 개편되었으며, 2007.3월 방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법에 근거하여 과학기술부 직속의 한국원자력의학원으로 출범한 이래 현재 미래창조과학부 산하의 기타 공공기관에 해당한다.

제90조 학술연구용품 감면을 받는 기관에는 관세법 시행규칙 제37조제2항제22호에 따라 특정연구기관 육성법 제2조에서 규정한 연구기관이 해당하며, 특정연구기관 육성법 제2조는 방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법 제13조2에 따른 한국원자력의학원을 특정연구기관으로 지정하고 있다.

따라서 청구법인은 특정연구기관으로 관세법 시행규칙 제37조제5항에 따라 관세 감면율은 80%이다.

더욱이, 청구법인이 운영하는 암병원은 단순히 환자를 진료하는 목적이 아니라, 당초 설립 취지대로 해당 진료를 통하여 방사선의 의학적 이용으로 최신 암치료법 개발은 물론 암 치료효율 향상을 목적으로 하고 있으며, 청구법인이 수입하는 의료장비의 사용목적은 진료행위를 주된 목적으로 하는 것이 아니라 학술연구목적이라 할 것이므로, 여느 공공의료기관과 차별성이 있음이 명백하며, 청구법인이 부수적으로 진료행위를 한다는 이유만으로 “공공의료기관”에 해당하는 것으로 해석하여 관세 감면율을 50%로 적용하는 것은 부당하다.

3. 통지세관장 의견

청구법인은「방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법」에 따라 설립된 법인으로서「특정연구기관 육성법」제2조의 규정에 의한 “연구기관”임과 동시에「공공보건의료에 관한 법률」제2조의 규정에 의한 “공공의료기관”에도 해당되며, 통지세관장은 청구법인을 법률적 근거에 따라 “공공의료기관”에 해당한다고 판단한 것이지 진료행위를 한다는 이유만으로 “공공의료기관”에 해당하는 것으로 판단한 것은 아니며,

청구법인의 주장대로 청구법인이 “특정연구기관”에만 해당되는 것으로 판단한다면 관세 감면율 80%를 적용하는 것에는 이견이 없을 것이나, 청구법인이 “특정연구기관”과 “공공의료기관”이라는 이중적 위치에 있다는 점에서 보면, 동법 시행규칙 제37조제5항의 단서규정에 의해 감면율을 적용해야 할 것으로 판단된다.

또한, 학술연구용품의 관세 감면율은 80%임에 비해 ‘공공의료기관’ 및 ‘학교부설의료기관’에서 사용할 물품의 감면율이 50%인 것은 ‘공공의료기관’ 및 ‘학교부설의료기관’은 학술연구 및 교육기관으로서의 중요한 역할을 수행하지만 동시에 일반환자의 치료행위 즉, 영업활동도 함으로 관세 감면율이 50%로 정해진 것으로서,

청구법인의 주요 수행업무 중 예산, 인력, 수입면에서 볼 때 가장 큰 사업은 의료사업(암환자 및 일반환자 진료)으로 청구법인이 “특정연구기관”에 해당되기는 하나, “공공의료기관”으로서의 성격과 기능이 훨씬 크다고 할 수 있으므로 관세 감면율 50%을 적용하는 것이 타당하다.

4. 쟁점사항

쟁점물품을 “특정연구기관”에서 사용할 물품으로 보아 감면율 80%을 적용할 것인지, “공공의료기관”에서 사용할 물품으로 보아 감면율 50%를 적용할 것인지 여부

5. 심리 및 판단

가. 관련법령

“별지1 참조”

나. 사실관계 및 판단

청구법인은 “한국원자력의학원이 관세법 시행규칙 제37조제2항제22호에서 정한 특정연구기관에 해당하므로 쟁점물품에 대하여 학술연구용품 관세 감면율 80%가 적용되어야 한다”고 주장한다.

먼저 관련규정을 살펴보면, 관세법 제90조제1항제2호는 학교, 공공의료기관, 공공직업훈련원, 박물관, 그 밖에 이에 준하는 기획재정부령으로 정하는 기관이 학술연구용으로 사용하는 물품에 대하여 관세를 감면하도록 하고 있으며, 관세법 시행규칙 제37조제5항은 학술연구용품에 대한 관세 감면율을 80%로 정하면서, 단서조항으로 국립암센터 및 국립중앙의료원을 제외한 공공의료기관과 학교부설의료기관에서 사용할 물품은 50%로 한다고 규정하고 있다.

또한, 학술연구용품 감면을 받을 수 있는 기관은 관세법 제90조제1항제2호에서 규정한 학교, 공공의료기관, 공공직업훈련원, 박물관과 이에 준하여 기획재정부령으로 정하는 기관이 해당하는바, 기획재정부령인 관세법 시행규칙 제37조제2항 제1호 내지 제30호에서 정하는 기관들은 관세법에서 규정한 학교, 공공의료기관, 공공훈련원, 박물관 등으로 구분할 수 있다.

따라서 관세법 시행규칙 제37조제2항 각호에 규정된 기관이 관세법 제90조제1항제2호에서 정한 “공공의료기관”에 해당하는 경우에는 국립암센터 및 국립중앙의료원을 제외하고 해당 기관이 학술연구용으로 사용하는 물품에 대하여 관세 감면율 50%가 적용되어야 할 것으로 판단된다.

다시 본건에 관하여 살펴보면, 관세법에서는 “공공의료기관”에 대한 정의를 따로 규정하고 있지 않으나, 청구법인은 공공기관의 운영에 관한 법률 제4조제1항 각호의 요건에 해당하여 기획재정부장관이 지정한 “기타공공기관(공기업, 준정부기관이 아닌 공공기관)”에 해당하고, 공공보건의료에 관한 법률 시행령 제2조에서 청구법인을 포함하여 국립암센터, 국립중앙의료원, 국립대학병원 등 12개 기관을 공공보건의료기관으로 정하고 있는 등 청구법인을 관세법 제90조제1항제2호에서 규정한 “공공의료기관”에 해당하는 것으로 판단하는데 무리가 없다.

따라서, 청구법인이 관세법 시행규칙 제37조제2항제22조의 “특정연구기관”이라 하더라도, 관세법 제90조제1항제2호에서 규정한 “공공의료기관”에 해당하는 한 관세법 시행규칙 제37조제5항 단서조항에 따라 청구법인이 사용하는 쟁점물품에 대하여 50%의 감면율을 적용하여야 할 것으로 판단된다.

또한, 공공의료기관 및 학교부설의료기관에 대하여 학술연구용품 감면율을 80%가 아닌 50%를 적용하는 것은 이들 기관이 학술연구 및 교육기관으로서의 역할을 수행하면서 일반환자의 치료행위를 통한 영리사업도 함께 수행하고 있음을 고려한 취지로 해석할 수 있으며, 실제로 청구법인은 산하에 원자력병원을 통해 방사선 등을 이용한 암환자 조기 진단 및 치료 등의 의료사업을 수행하고 있는 바, 이 사건 과세전통지는 적법하다고 판단된다.

6. 결 론

이 건 과세전적부심사청구는 심리 결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 ｢관세법｣ 제118조 제4항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.

[별지] 관련법령

(1) 관세법

제90조(학술연구용품의 감면세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품이 수입될 때에는 그 관세를 감면할 수 있다.

1. <기재생략>

2. 학교, 공공의료기관, 공공직업훈련원, 박물관, 그 밖에 이에 준하는 기획재정부령으로 정하는 기관에서 학술연구용․교육용․실험실습용 및 과학기술연구용으로 사용할 물품 중 기획재정부령으로 정하는 물품

② 제1항에 따라 관세를 감면하는 경우 그 감면율은 기획재정부령으로 정한다.

(2) 관세법 시행규칙

제37조(관세가 감면되는 학술연구용품) ① <기재생략>

② 법 제90조제1항제2호에서 “기획재정부령으로 정하는 기관”이란 다음 각 호와 같다.<개정 2013.2.23. 부령 337>

1.～21. <기재생략>

22. 「특정연구기관 육성법」제2조의 규정에 의한 연구기관

23.～24. <기재생략>

25. 「국립암센터법」에 따라 설립된 국립암센터 및 「국립중앙의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따라 설립된 국립중앙의료원

③～④ <기재생략>

⑤ 법 제90조제2항의 규정에 의한 관세의 감면율은 100분의 80으로 한다. 다만, 공공의료기관(제2항제25호의 규정에 의한 국립암센터 및 국립중앙의료원은 제외한다) 및 학교부설의료기관에서 사용할 물품에 대한 관세의 감면율은 100분의 50으로 한다.

(3) 특정기관 육성법

제2조(특정연구기관) 이 법에 따라 정부의 보호·육성을 받을 수 있는 연구기관은 특별법에 따라 설립된 연구기관과 재단법인인 연구기관으로서 대통령령으로 지정하는 연구기관(이하 “특정연구기관”이라 한다)으로 한다

(4) 특정기관 육성법 시행령

제3조(연구기관의 지정) 법 제2조에서 “대통령령으로 정하는 연구기관”이란 다음 각 호의 연구기관을 말한다.

1. 「한국과학기술원법」에 따른 한국과학기술원

2. 「광주과학기술원법」에 따른 광주과학기술원

3. 「대구경북과학기술원법」에 따른 대구경북과학기술원

4. 「한국원자력안전기술원법」에 따른 한국원자력안전기술원

5. 「방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법」 제13조2에 따른 한국원자력의학원

6. 「원자력안전법」 제6조에 따른 한국원자력통제기술원

7. 「한국연구재단법」에 따른 한국연구재단

8. 「과학기술기본법」에 따른 한국과학기술기획평가원 및 한국과학창의재단

(5) 방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법

제13조의2(한국원자력의학원의 설립) ① 방사선등의 의학적 이용 및 연구·개발 업무를 효율적으로 추진하기 위하여 한국원자력의학원(이하 “의학원”이라 한다)을 설립한다.

제13조의3(의학원의 사업) 의학원은 다음 각 호의 사업을 수행한다.

1. 방사선등의 의학적 이용에 관한 사업

2. 방사선 의학에 관한 연구 및 기술개발

3. 방사선 의학에 관한 정책 연구

4. 방사성동위원소의 생산·분배 및 연구

5. 국가 방사선 비상진료와 이와 관련한 교육 및 연구·개발

6. 제1호부터 제5호까지의 사업 성과 보급

7. 방사선 의학 연구 분야의 전문인력 양성

8. 방사선 의학 연구·개발 등의 국내외 협력

9. 원자력시설 주변지역의 의료 지원사업

10. 그 밖에 암(癌)병원 등 의학원의 목적 달성을 위하여 필요한 사업

(6) 공공보건의료에 관한 법률

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1.～2. <기재생략>

3. “공공보건의료기관”이란 국가나 지방자치단체 또는 대통령령으로 정하는 공공단체(이하 “공공단체”라 한다)가 공공보건의료의 제공을 주요한 목적으로 하여 설립․운영하는 보건의료기관을 말한다.

(7) 공공보건의료에 관한 법률 시행령

제2조(공공단체의 범위) 「공공보건의료에 관한 법률」(이하 “법”이라 한다) 제2조제3호에서 “대통령령으로 정하는 공공단체”란 다음 각 호의 기관 등을 말한다.

1.「국립대학병원 설치법」에 따른 국립대학병원

2.「국립대학치과병원 설치법」에 따른 국립대학치과병원

3.「국립중앙의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따른 국립중앙의료원

4.「국민건강보험법」 제13조에 따른 국민건강보험공단

5.「대한적십자사 조직법」에 따른 대한적십자사

6.「방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법」제13조의2에 따른 한국원자력의학원

7.「산업재해보상보험법」 제10조에 따른 근로복지공단

8.「서울대학교병원 설치법」에 따른 서울대학교병원

9.「서울대학교치과병원 설치법」에 따른 서울대학교치과병원

10.「지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따른 지방의료원

11.「암관리법」제27조에 따른 국립암센터

12.「한국보훈복지의료공단법」에 따른 한국보훈복지의료공단