Ⅰ. 지침배경 □ 납세자에게 정당한 사유가 있는 경우 보정이자 및 가산세를 면제하도록 관세법(2010.1.1 공포) 및 시행령(2010.3.26 공포)이 개정됨에 따라 ㅇ 가산세 및 보정이자 면제절차를 명확히 하고 정당한 사유에 대한 가이드라인을 제시하여 납세자의 혼란 방지 및 동 제도운영의 효율성을 제고
Ⅱ. 관련규정 가. 보정이자 ㅇ 납세의무자에게 정당한 사유가 있는 경우 보정이자를 징수하지 않음(법 제38조2의제5항 단서, 신설) ㅇ 보정이자를 면제받고자 하는 자는 신청서를 세관장에게 제출하여야 함(영 제32조의4제5항, 신설) ㅇ 세관장은 면제신청서 제출일로부터 20일 이내에 그 승인 여부를 통지하여야 함(영 제32조의4제6항, 신설)
나. 가산세 ㅇ 납세의무자에게 정당한 사유가 있는 경우 가산세 면제(영 제39조제3항5호, 신설) ㅇ 가산세 부과 면제 절차는 영 32조의4 제5항 및 제6항을 준용(영 제39조제4항, 신설)
Ⅲ 지침내용 [1] 면제신청 대상 ㅇ 신고납부한 세액의 부족등에 대하여 납세자에게 정당한 사유가 있어 가산세 또는 보정이자(이하 "가산세 등"이라 한다)를 면제받고자 하는 경우 * 국가 또는 지방자치단체 수입물품등 종전 규정에 의한 가산세 등은 별도의 면제신청 없이 세액정정신청서에 면제대상 표시 및 면제사유코드 만 입력
[2] 면제신청 기한 ㅇ 가산세 등의 면제신청은 법 제21조의 관세부과의 제척기간 이내에서만 가능
[3] 면제신청 시기 ㅇ 보정신청 또는 수정신고 하는 때 면제신청하거나, 부족세액과 가산세 등을 납부한 후 신청 ㅇ 부족세액을 경정하는 경우에는 경정하기 전에 면제신청하거나 경정세액 및 가산세를 납부한 후 면제신청
[4] 면제신청 방법 ㅇ 보정신청 또는 수정신고와 동시에 면제신청을 하고자 하는 경우에는 - 별도의 면제신청서의 제출 없이 세액정정신청서의 가산세 등의 면제여부 확인란에 면제대상으로 표시하고 면제사유코드 및 정당한 사유를 입력 ☞ 부족세액은 가산세 면제신청여부와 관계없이 보정신청 또는 수정신고한 날의 다음날까지 납부해야 함 ㅇ 부족세액과 가산세 등을 납부한 후 면제신청 하고자 하는 경우에는 - [별지 제1호 서식]의 면제신청서를 관세행정정보시스템으로 전송하거나 서면으로 제출
[5] 면제여부 심사 및 결과 통지 ㅇ 세관장은 정당한 사유 해당 여부를 확인하기 위하여 필요한 경우 관련 입증자료의 제출을 요구 ㅇ 가산세 등의 면제신청서를 접수한 세관장은 면제승인 여부를 신청한 날부터 20일 이내에 관세행정정보시스템 또는 서면으로 신청인에게 통지[별지 제2호 서식]
[6] 가산세 등의 징수 및 환급 절차 ㅇ 면제여부 심사결과 추가로 가산세를 징수하여야 하는 경우에는 세액경정절차에 따라 부족세액에 대한 가산세만 징수 ㅇ 이미 납부한 가산세 등을 환급하여야 하는 경우에는 가산세와 환급가산금을 과오납환급절차에 따라 환급
[7] 정당한 사유의 판단기준 ㅇ 정당한 사유의 해당 여부는 [붙임 1]의 가산세면제에 대한 대법원 판례의 입장을 참조하여 세관장이 판단
Ⅳ. 시행일 □ 본 지침은 개정 관세법 시행령의 시행일(2010.3.26)부터 적용하되, ㅇ 보정의 경우 2010.1.1 현재 보정기간이 경과하지 아니한 분부터 적용하며, ㅇ 가산세의 경우에는 개정 관세법 시행령 시행 후 최초로 가산세를 징수하는 분부터 적용
□ 관련 프로그램은 개발 진행 중이며, 완료(2010.5월 中旬 예정) 이전까지는 수작업에 의해 처리
[붙임 1] : 가산세면제에 대한 대법원 판례의 입장 ① 법률의 부지·착오 등 ㅇ 가산세는 고의나 과실의 유무와는 관련 없이 의무위반 사실만 있으면 가산세 부과요건이 성립되는 것이므로 고의나 과실 및 납세자의 세법에 대한 부지·착오는 정당한 사유에 해당되지 아니함 ② 사실관계의 부지·오해 ㅇ 납세자에 있어서 진정으로 어쩔 수 없는 사정이 있고 가산세를 부과하는 것이 부당 또는 가혹한 경우에만 정당한 사유를 인정 - 과세객체에 직접 관계되는 사실 등에 한정되고 - 신고할 과세표준이나 세액 등의 단순한 계산상의 오류나 착오문제는 이에 해당되지 않는 것임 ③ 과세관청 언동의 경우 ㅇ 일관된 태도는 아니나 과세관청의 언동(또는 행위)과 납세자의 귀책사유와의 경중을 비교하여 과세관청의 귀책사유가 중한 경우에는 '정당한 사유'를 인정 ㅇ 민법(§2②) 및 국세기본법(§15)의 '신의성실의 원칙'과도 부합되는 것으로 현행 대부분의 세목이 신고납세제도로서 - 과세관청에 상담·질의 등의 조언을 구하는 경우가 많아지는데 이러한 경우 납세자에게 한 회신이나 납세지도가 잘못된 경우 - 과세관청의 태도변경 및 부작위에 대하여 대법원은 정당한 사유를 인정할 수 있다고 판시하고 있음
clhs@clhs.co.kr 
070-4214-8300